Undercover High School (언더커버 하이스쿨) menceritakan tentang Han Tae-kyung (한태경), seorang agen muda berbakat dari sebuah organisasi rahasia pemerintah yang dikenal sebagai Unit Black, yang tiba-tiba menerima misi paling aneh dalam kariernya yaitu menyamar sebagai siswa SMA biasa untuk menyelidiki jaringan kejahatan yang beroperasi di balik lingkungan sekolah, termasuk perdagangan narkoba, pemerasan, dan kelompok kriminal remaja yang terhubung dengan bos besar di luar sekolah; Tae-kyung awalnya menganggap misi ini mudah, tetapi semuanya berubah ketika ia menyadari betapa brutal dan gelapnya dunia para pelajar, dan ia harus menyembunyikan identitasnya sepenuhnya sambil menjalani kehidupan sebagai murid baru, lengkap dengan PR, ujian, dan teman-teman yang curiga, membuatnya sering menggerutu, “내가 왜 여기서 수학 시험을 봐야 하지… (Kenapa aku harus ikut ujian matematika di sini…)”; di sekolah ia bertemu Kang Soo-min, gadis pintar dan ceria yang perlahan mulai dekat dengannya, serta Jinwoo, murid bermasalah yang ternyata terlibat dalam organisasi gelap tanpa mengetahui bahwa dirinya hanya dimanfaatkan; sementara itu Tae-kyung harus menyeimbangkan dua identitasnya—agen berbahaya yang bertarung melawan kriminal profesional, dan siswa biasa yang mencoba tidak menarik perhatian, meskipun kemampuan bertarungnya kadang membuat teman-temannya curiga; penyamaran Tae-kyung semakin rumit ketika pemimpin geng sekolah, Black Tiger Crew, mulai menargetkan dirinya karena kehadirannya dianggap “mengganggu keseimbangan kekuasaan,” membuat Tae-kyung terpaksa melawan mereka di lorong sekolah saat lampu mati, memperlihatkan kemampuan bela diri yang membuat semua orang terdiam; perlahan Tae-kyung mengetahui bahwa dalang sebenarnya bukan para siswa, tetapi seorang guru berpengaruh yang bekerja sama dengan organisasi kriminal besar untuk memanfaatkan sekolah sebagai tempat perekrutan; konflik mencapai puncaknya ketika Soo-min diculik untuk memancing Tae-kyung keluar dari persembunyian, dan ia harus mempertaruhkan identitasnya demi menyelamatkan satu-satunya orang yang memperlakukannya seperti manusia biasa, bukan agen; dalam adegan klimaks yang penuh ketegangan, Tae-kyung menghancurkan markas Black Tiger dan menyingkap jaringan kriminal di balik sekolah, tetapi penyamarannya terbongkar, membuat Soo-min menangis sambil berkata, “너… 학생이 아니었어? (Kamu… bukan siswa?)”, dan Tae-kyung hanya bisa menjawab dengan tatapan penuh penyesalan; meski berhasil menyelesaikan misi, ia harus meninggalkan sekolah tanpa pamit, menyisakan kenangan tentang kehidupan remaja yang tidak pernah sempat ia rasakan, menjadikan Undercover High School kisah aksi, penyamaran, dan emosi tentang bagaimana kebenaran, keadilan, dan identitas sering kali bertabrakan dalam dunia yang tampaknya sederhana seperti sekolah.